Accès aux données d‘expression
Voici une description des biopuces sur mesure développées dans le cadre des projets Arborea II et SMarTForests ainsi qu’une brève description des expériences dans lesquelles elles ont été utilisées.
Biopuce d’expression | Description | Accession | Plateforme | Publication |
Spruce11k cDNA microarray | ADN complémentaire déposé sur lame de verre. 10 400 séquences non-redondantes imprimées en double, côte-à-côte. | GPL10754 | GEO | Pavy et al. 2008 |
Spruce32k Oligo microarray | Oligonucléotides déposés sur lame de verre, 70 pb. 31 604 sondes spécifiques épinette blanche et sitka. | GPL15033 | GEO | Raherison et al. 2012 |
Expériences avec biopuces d’expression
Titre | Format de puce | Accession | Plateforme | Publication |
Analyse de la récalcitrance à l’induction de l’embryogénèse somatique, bourgeons apicaux, arbres adultes, P. glauca | Spruce32k | GSE46977 | GEO | Rutledge et al. 2013 |
Évaluation de l’expression différentielle dans le transcriptome des tissus vasculaires de 3 espèces de Picea | Spruce32k | GSE35922 | GEO | Raherison et al. 2012 |
Expérience de comparaison interspécifique chez les Pinaceae (7 espèces) | Spruce32k | GSE35847 | GEO | Raherison et al. 2012 |
La base de données de profils transcriptionnels PiceaGenExpress (8 tissus) | Spruce32k | GSE35624 | GEO | Raherison et al. 2012 |
Mesure directe de l’héritabilité de l’expression des gènes chez des individus de populations sauvages | Spruce32k | GSE35337 | GEO | Verta et al. 2013 |
Analyse comparative du transcriptome du xylème et du phloème de l’épinette blanche | Spruce11k | E-MEXP-1489 | ArrayExpress | Pavy et al. 2008 |
Étapes de la formation du bourgeon apical au niveau moléculaire chez l’épinette blanche | Spruce11k | GSE23519 | GEO | El Kayal et al. 2011 |
Analyse intégrée du transcriptome et du protéome de tiges de l’épinette blanche pendant la transition entre la croissance active et la dormance | Spruce11k | GSE31090 | GEO | Galindo González et al. 2012 |
RNAseq l’expression des gènes
RNASeq | Description | Accession | Plateforme | Publication |
Bark | Bark tissue from PG29 was extracted for total RNA and sequenced | SRX318118 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Flushing Bud | Flushing bud needles from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318119 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Mature Needle | Mature needles from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318120 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Xylem | Xylem tissues from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318121 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Young buds | Young buds from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318122 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Seedling | Seedlings from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318123 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Embryo | Embryos from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318124 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |
Megagaemtophytes | Megagametophytes from PG29 were extracted for total RNA and sequenced | SRX318125 | Illumina Hi Seq | Warren et al. 2015 |