Séquençage de l’épinette blanche
Le séquençage du génome des conifères est devenu possible grâce aux progrès des technologies de séquençage d’ADN. Nous avons utilisé l’Illumina High Seq 2000, notre plate-forme de séquençage (Genome Sciences Center, Vancouver) détenant plusieurs séquenceurs de ce type. Cette activité a été réalisée en collaboration avec des projets en Suède (épinette de Norvège), aux États-Unis (pin taeda, pin à sucre, sapin de Douglas), et en Europe (pin sylvestre et pin maritime). L’épinette blanche et l’épinette de Norvège ont un niveau élevé de synténie (la divergence nucléotidique des régions codantes est ~ 4%; les cartes génétiques sont en grande partie colinéaires). Ainsi, l’assemblage conjoint des génomes s’est traduit par un assemblage plus complet, et nous donne une perspective des processus d’adaptation génomique entre les deux taxons.
L’objectif était de développer une ressource présentant le génome de l’épinette blanche en intégrant les analyses des séquences génomiques et la cartographie génétique à haute densité. Notre travail a bénéficié d’améliorations récentes des technologies de séquençage et s’est appuyé sur les ressources déjà développées (catalogues de gènes, cartes génétiques). Le résultat est une caractérisation plus complète de l’espace génique, ainsi qu’une ébauche de la séquence du génome de l’épinette blanche. La carte génétique permet de positionner des milliers de séquences de gènes sur les chromosomes (groupes de liaison), et de générer une ressource génomique permettant d’améliorer la sélection assistée par marqueurs.
Objectifs de l’activité
- Effectuer des analyses comparatives des génomes de l’épinette de Norvège et de l’épinette blanche, ainsi que de l’épinette et du pin taeda/pin à sucre/sapin de Douglas.
- Évaluer l’ensemble des variations du nombre de copies (VNC) et de la présence/absence de variations (PAV) dans le génome à des fins de génomique comparative et d’études d’association.
- Contribuer au développement des ressources internationales en génomique des conifères et promouvoir la position du Canada sur l’échiquier international de la génomique.
- Annoter la séquence génomique, identifier les séquences des régions codantes pour les études d’association et de sélection, et identifier l’espace génique propre aux conifères.
- Obtenir une ébauche du génome de l’épinette blanche.