Données SNP
Les 13,461 variations de séquences géniques (SNP, single nucleotide polymorphisms) chez l’épinette blanche (Picea glauca) décrits dans deux articles de Pavy et collaborateurs publiés en 2013 (BMC Biology 10:184 (27p.) et Molecular Ecology Resources (13 (2): 324-336) ) sont maintenant disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du Centre national d’informations sur la biotechnologie (NCBI). Les méthodes de détection des SNP et les résultats de génotypage sont décrits dans les publications.
Un atlas de 212 765 SNP de haute confiance
Les SNP ont été détectés parmi les séquences de plusieurs milliers de gènes exprimés en utilisant le logiciel Varscan. Des séquences de nouvelle génération ont été alignées sur le catalogue des gènes de l’épinette blanche (GCAT) en utilisant le logiciel Mosaik. Les SNP ayant une fréquence allélique faible MAF<0,01 ont été rejetés. La précision de la détection des SNP a été vérifiée à partir d’un grand jeu de données de génotypage, montrant le haut niveau de confiance des SNPs de l’atlas. Ces SNP sont également disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du NCBI.
Publications
Polymorphe_SNPs_genotyped_ GoldenGate
Polymorphe_SNPs genotyped_infinium
SNPs_atlas_Pavy2013