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Données SNP

Les 13,461 variations de séquences géniques (SNP, single nucleotide polymorphisms) chez l’épinette blanche (Picea glauca) décrits dans deux articles de Pavy et collaborateurs publiés en 2013 (BMC Biology 10:184 (27p.) et  Molecular Ecology Resources (13 (2): 324-336) ) sont maintenant disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du Centre national d’informations sur la biotechnologie (NCBI). Les méthodes de détection des SNP et les résultats de génotypage sont décrits dans les publications.

Un atlas de 212 765 SNP de haute confiance

Les SNP ont été détectés parmi les séquences de plusieurs milliers de gènes exprimés en utilisant le logiciel Varscan. Des séquences de nouvelle génération ont été alignées sur le catalogue des gènes de l’épinette blanche (GCAT) en utilisant le logiciel Mosaik. Les SNP ayant une fréquence allélique faible MAF<0,01 ont été rejetés. La précision de la détection des SNP a été vérifiée à partir d’un grand jeu de données de génotypage, montrant le haut niveau de confiance des SNPs de l’atlas. Ces SNP sont également disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du NCBI.

Publications

Polymorphe_SNPs_genotyped_ GoldenGate

Enhancing genetic mapping of complex genomes through the design of high-multiplexed SNP arrays: application to the large and unsequenced genomes of white spruce and black spruce


Polymorphe_SNPs genotyped_infinium

Development of high-density SNP genotyping arrays for white spruce (Picea glauca) and transferability to subtropical and nordic congeners


SNPs_atlas_Pavy2013

The landscape of nucleotide polymorphism amoung 13,500 genes of the conifer Picea glauca, relationships with functions, and comparison with Medicago truncatula